JRの特急・新幹線は時間通りに届けるという約束のもとに通常の運賃にプラスした追加料金が設定されており、事故時等の事業者側都合で大幅な遅れや運休が出た場合には払戻が出来る規定が用意されている。JRは積極的に宣伝していないが、客の方から払戻を言わないと絶対に返ってくる事は無いので覚えておいてもらいたい。EXサービスは自動払戻、えきねっとでは後日メールが届くとしている。なお、客の都合による乗り遅れや他の交通機関が遅れた事によるケースは対象とはならない。
特急や新幹線が２時間以上遅れた場合は運賃・料金のうち、特急料金のみ返金される。これは遅れた事により特急としての意味を成さなくなり２時間遅れたとすれば在来線で移動する時間とほぼ同義になると考えられるからである。なお、運賃は返金されない。
特急や新幹線が運休・大幅な遅延等により旅行を中止して発駅に戻りたい場合は、運賃・料金が全額返金され無料で戻る事が出来る。例えば品川→名古屋で切符を買っていてその新幹線が運休になった場合は名古屋に行く事が出来ず戻るしか出来ないのだから全て返金されるべきという考え方のようである。
事故時等で途中までは乗車したがその先から経路を変えて新幹線から飛行機に乗り換え、あるいは他社に乗り換えというケースも考えられる。この場合は事故部分から先の運賃・料金が全額払い戻しになり、元の部分は払い戻し対象にはならない。
払い戻しは原則窓口のみであるが、期限は非常に緩く１年以内という規定が設定されている。運休や遅延が発生した当日は窓口も非常に混み合うので、後日にした方が良いだろう。切符さえ持っていれば１年以内であれば払い戻しが出来るので、当該切符等を持っている人は絶対に捨てずに全国の窓口等に出向くようにしてもらいたい。
