電車の運賃・料金は、違います。運賃って料金の事じゃんと思うかもしれませんが、鉄道ではそこは明確に区別されています。
国交省のサイトにも以下のように明記されています。
運賃：普通旅客運賃、定期旅客運賃等
料金：特急料金、急行料金、グリーン料金、入場料金
つまり、簡単に言うと、山手線で東京から秋葉原まで乗ると切符乗車の場合140円で乗車券を購入しますが、これは「運賃」です。
特急に乗ったり新幹線に乗ったりする場合には、乗車券のみならず特急券やグリーン券が必要になりますが、これは「料金」です。運賃に上乗せして払う物は全て料金です。入場券はちょっと特殊なので除きますが、基本的にはこう考えて良いでしょう。
運賃も料金も国交大臣の認可が必要なのは変わりありません。しかし、運賃はべらぼうに高く出来ませんが料金はいわば鉄道会社の小遣い的な部分も兼ねているので会社によって単価が大きく違います。新幹線で指定席を買うと全て一括して請求されますが、これも乗車券＋特急券＋指定券という構造になっており、グリーン車に乗る場合は更にこれに加えてグリーン券が追加という扱いになります。東海がネット予約条件でこだまのグリーン車をほぼ差額無しにしたり、東がえきねっとで35%オフとかやっているのも料金部分は割と会社の裁量で決めれる部分が大きいからでしょう。興味のある人は鉄道の運賃・料金について調べてみて下さい。
